北京同仁堂始创于1669年，至今已有349年的历史。南京同仁堂成立于1926年，原来是北京同仁堂在南京的分公司。不过在1955年公私合营时期，南京同仁堂从同仁堂集团分拆，北京同仁堂归北京市政府，南京同仁堂归南京市政府。
北京同仁堂和南京同仁堂都是正统，至今两个公司的古训仍是一个：炮制虽繁必不敢省人工，品位虽贵必不敢减物力。
北京同仁堂集团是北京市政府独资企业，主营业务包括现代制药业、零售商业和医疗服务，整个集团拥有六个二级集团，三家上市公司现在在A股和港股两地上市的同仁堂(600085.SH)就是北京同仁堂集团旗下的一家子公司。
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